Клубы в ЛМШ - особое мероприятие. Это  способ для преподавателей вовлечь в сферу своих творческих интересов школьников, показать и рассказать им то, что выходит за рамки классического учебного процесса, но при этом не менее познавательно и важно для развития. Насколько различны эти интересны, настолько многочисленны и форматы наших клубов.

Клубы показываются каждый вечер, после ужина. Их посещение не является обязательным, но носит рекомендательный характер. Как и для игрушек, для клубов действует правило: никаких повторов. Единственный, не подчиняющийся этому закону, кочующий из года в год, - Клуб по истории ЛМШ. Создается он, как правило, преподавателями, которые работают в ЛМШ достаточно давно, и могут рассказать те истории и показать те фотографии и сюжеты, которые происходили в школе задолго до появления в ней нынешних школьников. Этот клуб традиционно собирает большое количество зрителей.

Очень популярны у школьников музыкальные клубы. В 2014 году ставился клуб по творчеству рок-группы Пикник. Над его созданием работали  преподаватель математики Андрей Карпов, а также бывшие ученики ЛМШ - Наталья Абакумова и Юрий Рудько. А ранее, в 2011 году, состоялся клуб по творчеству группы Billy's Band.

Отдельного внимания заслуживают постановочные клубы. В 2014 году на ура прошел клуб "Довлатов", показывающий историю жизни советского писателя Сергея Довлатова, основанную на его автобиографических заметках, письмах, произведениях. Работа над клубом началась задолго до смены, помимо режиссера-постановщика Виктории Котовой в нем принимали участие: Евгений Гербер (Сергей Довлатов), Никита Лашук (Буш), Валерия Оксиненко (Лена, жена Довлатова), Эльвира Тимофеева, Сергей Белов, Сергей Скопинцев, Анна Кравцова, Петр Матвеев и другие действующие сотрудники Летней школы.

В 2013 году с не меньшим успехом прошел клуб "Финрод Зонг" по одноименной рок-опере, особенно запомнившийся тем, что помимо преподавателей и стажеров в нем были задействованы и школьники (Лиза Разумова, Катя Шаталина и Аня Ярошецкая).

Нередко клубы ЛМШ готовят гости: люди, не связанные со школой в настоящее время, но преподававшие или учившиеся в ней много лет назад. В 2014 году гости, приезжавшие в ЛМШ школьниками в далеком 2005-2006 годах, показывали постановочный клуб "Сказки старого Вильнюса" по произведению писателя Макса Фрая.

Чаще всего в ЛМШ показываются литературные клубы.  В 2012 году особенно запоминающимся для всех стал клуб по творчеству Сергея Есенина. Преподаватели Сергей Скопинцев, Никита Лашук, Петр Матвеев и Антон Скрипунов при свечах читали стихи поэта, относящиеся к различным этапам его жизни и творчества. А в 2014 году из случайно брошенной фразы родился клуб про одиночество: преподаватели зачитывали отрывки из произведений различных жанров и эпох, которые ассоциировались для них с одиночеством.

Нередко клубы представляют собой смешение стилей. На клубе по творчеству Корнея Чуковского читались отрывки из его сказок, показывались мультфильмы и даже разыгрывались небольшие инсценировки.

В ЛМШ есть дети, которые сразу делают для себя установку: клуб - отличное время для подготовки к парам. Но однажды, придя хотя бы на один из них, они навсегда разочаровываются в своем мнении и жалеют об уже пропущенных клубах. Ведь это не просто самодеятельность преподавателей Летней школы. Это переживания, большая душевная работа, частичка способностей и творчества, которой каждый стремится поделиться с окружающими.